Geschichte
Während des Hochmittelalters gehörte das Dorf zum Herrschaftsbereich der Freiherren von Tegerfelden. Ihnen unterstellt waren die 1239 erstmals erwähnten Ritter von Endingen, die südlich von Unterendingen in der Surbebene eine kleine Weyerburg besassen. Die Sippe war nach dem Aussterben der Tegerfeldner im Jahr 1254 zuerst mit den Freiherren von Regensberg verbunden, später mit dem Bistum Konstanz. Um 1305 erwarben die Habsburger die hohe Gerichtsbarkeit. Bedeutende Grundbesitzer waren das Kloster St. Blasien und die Johanniterkommende in Leuggern.

Die Eidgenossen eroberten 1415 den Aargau und Unterendingen gehörte fortan zum Siggenamt der Grafschaft Baden, einer Gemeinen Herrschaft. 1529 trat ein grosser Teil der Bevölkerung zur Reformation über, was jedoch nach dem Zweiten Kappelerkrieg von 1531 wieder rückgängig gemacht wurde. 1661 bauten die Katholiken aus dem konfessionell gemischten Nachbardorf Tegerfelden eine eigene Kirche in Unterendingen. 1798 eroberten die Franzosen die Schweiz und riefen die Helvetische Republik aus. Unterendingen wurde eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden; seit 1803 gehört sie zum Kanton Aargau.

Nach der Eröffnung der Eisenbahnlinien Turgi - Waldshut (1859) und Dielsdorf - Niederweningen (1891) reichten die Gemeinden des Surbtals eine Konzession für den Bau einer Verbindungsbahn zwischen Niederweningen und Döttingen ein. Doch der Erste Weltkrieg verhinderte den Bau und das Projekt wurde 1937 endgültig abgeschrieben. Viele Jahrzehnte lang stagnierte die Bevölkerungszahl. Zu Beginn der 1980er Jahre wurde dann eine grössere Bauzone erschlossen und das Dorf wuchs innerhalb von zehn Jahren um das Doppelte.


Streit ums Wappen
Die Gemeinde Endingen hatte 1926 beschlossen, das Wappen der Herren von Endingen zu übernehmen. Nachdem aber 1934 die Überreste ihrer Burg auf dem Gebiet von Unterendingen entdeckt worden waren, erhob auch Unterendingen Gemeinde Anspruch auf das Wappen. Nach einer Beschwerde an den Regierungsrat im Jahr 1953 gelangte man zu einer Einigung: In der Zwischenzeit hatte man herausgefunden, dass bereits auf der Karte des Kantons Zürich von 1667 ein Wappen für Unterendingen existierte, welches sich nur in den Farben (blau und rot) unterschied. Dieses wurde dann auch übernommen.

Am 31. Dezember 2006 lebten 353 Menschen in Unterendingen, der Ausländeranteil betrug 9,1 %. Bei der Volkszählung 2000 waren 50,1 % römisch-katholisch und 34,5 % reformiert; 2,4 % gehörten anderen Glaubensrichtungen an. 94,9 % bezeichneten Deutsch als ihre Hauptsprache, 1,9 % Serbokroatisch.

In Unterendingen gibt es rund 70 Arbeitsplätze, davon 28 % in der Landwirtschaft, 30 % in der Industrie und 42 % im Dienstleistungssektor. Die meisten Erwerbstätigen sind Wegpendler und arbeiten in den umliegenden Gemeinden oder in der Region Baden.

Per 1. Januar 2014 fusionierte die Gemeinde Unterendingen mit der Gemeinde Endingen.